Dawniej Dubeninki były zamieszkałe przez ludność wyznania ewangelickiego. Protestanci kilka razy budowali tu kościół. Pierwszy raz w roku 1620, drugi raz w roku 1683 z drzewa, trzeci raz w roku 1743 z kamienia. Wieża tego kościoła była drewniana, rozbudowano ją w roku 1812. Kościół odniósł wielkie szkody wskutek orkanu w roku 1818 i dlatego w roku 1822 przystąpiono po raz czwarty do budowy nowej świątyni, którą odrestaurowano i nieco przebudowano w roku 1879. W tym też samym roku postawiono wieżę na fundamentach poprzedniej. Obecny kościół został wybudowany w roku 1903.

Po drugiej wojnie światowej, gdy osiedliła tu się ludność katolicka, utworzono parafię katolicką w Dubeninkach z filią w Żytkiejmach. Poświęconemu kościołowi w roku 1946 nadano patrona – św. Andrzeja Bobolę oraz św. Apostołów Piotra i Pawła. Początkowo opiekę duszpasterską nad wiernymi sprawowali kapłani dojeżdżający z parafii Przerośl. W roku 1952, gdy parafia została kanonicznie erygowana, wierni otrzymali stałego duszpasterza i podejmują troskę o zniszczony kościół parafialny.

(historia kościoła z przykościelnej z tablicy)